El Cloro Libre reacciona con los iones de amonio y compuestos orgánicos para formar compuestos de cloro, derivando en capacidades de desinfección disminuidas en comparación con el cloro libre. Estos compuestos de cloro junto con cloraminas forman cloro combinado. El cloro combinado y el cloro libre en exceso juntos derivan en cloro total. Mientras el cloro libre tiene un potencial desinfectante mucho más alto, el cloro combinado tiene una estabilidad mucho más alta y menos volatilidad. Debería haber suficientes niveles de cloro libre sin reaccionar para una desinfección adecuada, pero no tanto como para ser dañino.